A formação da PJ visa desencadear um processo formativo que integre a ação pastoral com base em uma organização que torne os jovens protagonistas da sua caminhada e leve a vivenciar uma espiritualidade mais encarnada. Muitos regionais têm elaborado seu próprio projeto de formação, alguns em parceria com outras pastorais, movimentos, institutos pastorais e sociais. 

Os Centros e Institutos de Juventude organizados em Rede possuem algumas iniciativas de formação para aprofundar temas, como: cidadania, afetividade e sexualidade, gênero, metodologia, políticas públicas, espiritualidade, entre outros. Contribuem, também, por meio de publicações de subsídios e na formação de coordenadores e assessores.

A bíblia, a liturgia e os sacramentos são fontes inesgotáveis do Mistério de Deus. É preciso garantir uma formação e uma experiência permanente, continuada e processual que contribua com o fortalecimento da dimensão espiritual do jovem. 

Em diversos lugares do país a PJ tem favorecido espaços para a formação bíblico-litúrgica, missas da juventude, romarias e caminhadas. 

O uso do Ofício Divino da Juventude e das Comunidades em retiros, encontros, reuniões e em outras atividades têm contribuído com a identidade pastoral mais encarnada.

Reconhecidamente, a PJ é uma das pastorais mais organizadas do país.

As Assembleias Regionais contribuem para uma caminhada de unidade com as dioceses. Existem iniciativas para fazer com que a organização da PJ seja menos burocratizada e mais acessível, podem ser destacadas: os jovens liberados em algumas dioceses do Brasil, a importância da secretaria em muitos regionais, o diálogo com a Igreja em relação à atuação e missão da Pastoral da Juventude, os encontros de congregações e movimentos eclesiais que trabalham com jovens, o apoio da hierarquia da Igreja em algumas dioceses.